农村信用社是当前金融支农的主力，但受体制与政策因素制约，自身存在经营不善、亏损严重等问题，在很大程度上削弱了其有效提供金融服务的能力。

1.所有权主体缺位，产权不明。

农村信用社股东很分散，许多是过去的农户，改制后股权相对集中，但大部分仍在农村。在我国农村信用社改革中，第一批试点的省份股东人数达到2.78万人，股本金为13090万元，每个股东平均注资4692元；第二批试点省份的股东人数为1.9万人，股本金1159万元，每个股东平均注资601元。目前股东维权问题一般采取股东代表方式，但在现有条件下，更多的是由信用社自己选择，很难做到由股东民主选择，造成股东代表不能代表股东利益，无法行使监督管理职责，使所有者主体缺位，从而导致实际上的产权不明。

2.信用社普遍存在较大的存差，赢利能力较低。

国务院发展研究中心农村研究部的调查显示，2004年在样本信用社中，78个信用社存差的平均值达到了2185. 88万元。从比率上看，尽管贷款占存款的比重逐年增加，但到2004年贷存比仍达到了73.51%，20.78%信用社的贷款余额与存款余额之比低于50%。这表明，很多信用社的储蓄资金并没有能够有效利用转换为生息资产，导致信用社资产赢利能力较低。而另一方面，大量的农村储蓄资金被信用社转存入人民银行，信用社上存联社和人民银行的资金占当年存款余额的32.68%，以致资金最稀缺的农村地区其自身的储蓄资金外流城市，加剧了农村的金融供求矛盾。

3.信用社贷款的附加成本太高。

国务院发展研究中心农村研究部自调查显示，很多农户认为信用社的贷款程序太复杂、审批时间太长，有些贷款审批下来后已经贻误农时。而且大部分农户受教育程度比较低，难以理解和掌握复杂的贷款程序。

调查的结果显示，26.62%的农户都认为信月社的贷款手续太复杂，41.69%的农户都希望信用社能简化贷款程序，有117户农户正是因为不懂得信用社的贷款程序而从未向信用社申请过贷款对于企业来说，申请一笔贷款往来金融机构的平均次数为3.44次，而信月社对非社员企业的贷款审批平均需要10天时间，最高的达到30天，社点的贷款申请平均也需要6天。农户贷款一般还需要缴纳股金，人股金额一般是贷款额的5%~10%。如果将人股金额计人贷款成本，信用社最高的贷款成本达到了贷款额的21%，这甚至与高利贷的成本差不多。从而使稠很多农户在有资金需求的时候宁愿向私人放贷人借款。41. 56%的被调查企业指出，为了获得贷款，企业还必须向金融机构或其人员支付利息以外的其他成本，一般主要是用于与金融机构人员的交往，比如请客、送礼等，额外成本平均占贷款额的4.36%。