施肥是农业生产过程中一个必不可少从的环节，能有效补充各类作物的微量元素。但是，施肥不当对土壤环境会造成化学、生物、物理污染。

1、生物污染:主要是由于未经无害化处理的有机肥、垃圾、粪便中常含有可致植物病害和污染农产品、危害人体健康的病原微生物造成的。

2、物理污染:主要来自未清理的垃圾和保护地栽培,如碎玻璃、方便袋、碎瓦块、旧薄膜等会降低土壤通气、透水、保肥的能力,妨碍作物根系生长。

3、化学污染:主要来自生产化肥的矿石,最突出的是磷肥,磷矿石中含有砷、镉、铬、氟和钯等有害金属.长期施用化肥对土壤酸碱度有较大影响.如过磷酸钙、硫酸铵、氯化铵以及氯化钾属生理酸性肥料

,许多耕作土壤酸化与生理酸性肥料的长期施用有关.化肥中的放射性物质主要存在磷肥中.微量元素肥料使用过量或不当,也会对土壤造成污染,城市垃圾中常常混杂有毒重金属的废电池和废油漆等。

施肥不当还会对造成水体污染、大气污染和农产品污染。

1、水体污染

施肥对水体的污染主要由肥料中的营养元素和有害物质随降水和土壤水分运动进入水体造成的。大量施用化学肥料，是导致农作物种植区域水体污染的主要原因。水体富营养化导致水生植物如某些藻类过量增长，其死亡以后腐烂分解，耗去水中的溶解氧，使水体脱氧，引起鱼、虾、贝大量窒息死亡，使水质变差，并进一步发出恶臭，失去饮用价值，甚至不能用于农田灌溉。

2、大气污染

与大气污染有关的营养元素是氮。长期大量施用氮素化肥，必然会对大气产生污染。氮肥对大气的污染主要有氨的挥发，反硝化过程中生成的氮氧化物的挥发。氮氧化物对大气的臭氧层有破坏作用，是造成地球温室效应的有害气体之一。在温室大棚中，如果氮氧化物浓度过高，会对植物产生伤害，表现为叶片脱色，并伴有细胞皱缩和焦枯，在潮湿条件下或在夜间要比干燥或白天受害程度重。未充分腐熟的有机肥如果施在土表会散发恶臭，施入通气不良的土壤中会产生甲烷、硫化氢等有害气体，这对大气也会产生一定污染。